数据库简介
引物科学命名数据库(DPSN)存有177条16S扩增子测序引物和38条23S测序引物的信息。其重新定义了新的短命名规则,它包含五个元素以达到绝对区分的目的:代表目标基因的一个字母-代表分类学的一个字母+正链上的5’ 端位置+版本号+引物的方向。
意义: 扩增子测序是目前在微生物多样性结构评估领域中使用得最多的高通量测序方法。但是在扩增子测序中,为了要扩增扩增子区域,扩增引物是必须的。目前,probeBase是唯一一个人工矫正过关于以rRNA为靶标的探针和引物数据库。然而,该数据库中63.58%的引物的短命名、长命名甚至扩增位点的注释都存在着一定的问题。而实际上,目前常用的引物短命名方法,并不足以区分同区域但序列不同的引物,这导致根据短命名并无法明确对应引物的问题,这大大影响了科学研究的准确性,亟需纠正改善。
使用方法: 在搜索结果中将会有6列,分别是:纠正后的短命名、纠正后的长命名、旧短命名(probeBase)、旧长命名(probeBase)、序列和5’端的位置。用户可以使用任意栏目中的内容作为搜索词。同时,本数据支持模糊检索,也就说使用短字符串时(如GAA),也会得到与之能匹配的所有结果。
引用: 目前本文正在投稿,引用会在接收后更新.
新引物提交:欢迎各位研究者把新的引物序列发邮件提交,请至少提供正确的全称和全长序列。
联系人: 谭宇翔, 邮件:36410463@qq.com
更新日志:
2020年01月23日 更新命名方式,增加目标基因前缀;新增38条23S引物。
2019年10月01日 增加4条新的引物序列
2019年04月04日 完成数据库的初始版本并上线